Afin de dresser l’état de santé de certains cours d’eau du territoire, un inventaire des macroinvertébrés benthiques (animaux sans colonne vertébrale, visibles à l’œil nu et qui se retrouvent au fond des cours d’eau et lacs) a été réalisé au cours de l’été 2016 sur trois cours d’eau de la MRC de La Côte-de-Beaupré et cinq cours d’eau de l’île d’Orléans.
Ce type d’inventaire est fréquemment utilisé par le ministère du Développement durable, de l’Environnement et de la Lutte contre les changements climatiques qui a développé un indice à cet effet. Les macroinvertébrés benthiques sont en effet reconnus pour être d’excellents indicateurs biologiques de la santé des écosystèmes aquatiques.