Avant l’arrivée des Européens dans la région, des Amérindiens de langue iroquoienne occupent des lieux propices à l’érection de campements saisonniers, de villages semi-permanents ou de sites de pêche aux abords du fleuve et de rivières comme la Saint-Charles ou la Chaudière. La rivière Chaudière a été particulièrement importante pour les peuples autochtones qui l’utilisaient comme lien vers les États-Unis. Il y a 10 000 ans, le fleuve est une mer dont les abords servent à la chasse aux mammifères marins. La colline de Québec et les crans rocheux près des ponts correspondent à des îles sur lesquelles poussent de majestueux pins. L’ensemble de la région est couvert par un vaste paysage forestier.
De son côté, Cartier mentionne sept emplacements iroquoiens dont six sont situés sur le territoire de la CMQ : Ajoaste, Starnatam, Tailla, Sitadin, entre le cap Tourmente et Québec, et Stadaconé, une bourgade sur la rivière droite de la rivière Saint-Charles et Tequenonday.
Le boisé Tequenonday, accessible depuis la promenade Samuel-De Champlain, constitue un des derniers témoins de la forêt majestueuse le long du fleuve avec la présence d’une ancienne pinède blanche. On y trouve aussi des vestiges archéologiques, témoins de la présence amérindienne datant de 3 000 à 6 000 ans avant notre ère. La Jacques-Cartier sert de territoire de chasse, de pêche et de cueillette de petits fruits. Elle est sillonnée de sentiers dont le principal sert de communication vers le lac Saint-Jean, communément appelé le Sentier des Jésuites aujourd’hui. Outre les riches vestiges archéologiques, les traces de l’occupation autochtone s’inscrivent principalement dans divers toponymes dans la région. La toponymie de divers lieux, issue de la langue iroquoienne, ponctue les paysages de la région. Les autochtones appelaient la rivière Saint-Charles, Kabir Kouba, la rivière aux milles méandres, dont témoigne le nom de la chute sur cette rivière près de Wendake. S’y ajoutent à Lévis les noms Taniata qui signifierait peuplier et Harlaka ou Arlaka faisant allusion à un territoire de chasse qui appartiendrait au premier arrivé. [6] Quant au nom de la rivière Etchemin, ce dernier constitue un dérivé du mot abénaquis « ÉTÉMANKIAK » signifiant « Terre de la peau pour les raquettes » [7]. Le plus connu est certainement celui de Québec ou Kebeq qui signifie « Là où c’est bouché, détroit » [8].
